Qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ phát hiện có một số nhà đầu tư được Nhà nước giao đất với mục đích thương mại – dịch vụ để thực hiện dự án đầu tư du lịch trong Khu kinh tế Phú Quốc theo Luật Đất đai 2003, nhưng thời điểm bàn giao đất thực tế và kê khai thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai từ ngày 01/7/2014 (thời điểm Luật Đất đai 2013 có hiệu lực) trở về sau.
Trong khi Luật Đất đai 2013 chỉ quy định hình thức cho thuê đất đối với đất có mục đích thương mại – dịch vụ, không quy định hình thức giao đất có thu tiền sử dụng đất đối với loại đất này, do đó các tổ chức này không được giảm tiền sử dụng đất theo quy định tại Nghị định 198/2004/NĐ-CP của Chính phủ về thu tiền sử dụng đất và Nghị định số 44/2008/NĐ-CP của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 198/2004/NĐ-CP của chính phủ về thu tiền sử dụng đất (vì các Nghị định này đã hết hiệu lực thi hành).
Cụ thể, Cục trưởng Cục Thuế giảm 50% tiền sử dụng đất đối với chủ đầu tư của một số dự án trên địa bàn huyện Phú Quốc thuộc diện được giao đất trước ngày 01/7/2014 (theo Luật Đất đai năm 2003) nhưng có thời điểm bàn giao đất thực tế sau ngày 01/7/2014 (thời điểm Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực) là chưa phù hợp với quy định của pháp luật, gây thiệt hại ngân sách nhà nước.
Qua thanh tra, Đoàn thanh tra đã phát hiện trường hợp với tổng số tiền sử dụng đất được giảm sai quy định.
Đó là trường hợp, Khu du lịch sinh thái Vũng Bầu tại xã Cửa Cạn, huyện Phú Quốc do Công ty Cổ phần Lan Anh Phú Quốc làm chủ đầu tư được Nhà nước giao 194.885,4 m2 đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2003. Trước ngày 01/7/2014 (Luật Đất đai 2013 có hiệu lực), cơ quan thuế chưa ra thông báo nộp tiền sử dụng đất, Công ty chưa nộp tiền sử dụng đất.
UBND tỉnh Kiên Giang xác định giá đất cụ thể tại thời điểm bàn giao đất thực tế (Biên bản giao đất trên thực địa số 159/BB-BQLPTPQ ngày 31/10/2014 – Bàn giao trên thực địa ngày 22/10/2014; Biên bản bàn giao đất thực địa số 179/BB-BQLPTPQ ngày 28/11/2014). Cục trưởng Cục thuế căn cứ Điểm a, Khoản 3, Điều 1 Nghị định số 44/2008/NĐ-CP để ra Quyết định số 224/QĐ-CT ngày 26/3/2015, giảm tiền sử dụng đất đối với diện tích 194.885,4 m2, với số tiền 91.878.560.376 đồng cho Công ty Cổ phần Lan Anh Phú Quốc.
Tuy nhiên, tại thời điểm này Nghị định số 44/2008/NĐ-CP đã hết hiệu lực thi hành và việc thu tiền sử dụng đất được thực hiện theo Nghị định số 45/2014/NĐ-CP, do đó không có cơ sở pháp lý để giảm 50% tiền sử dụng đất này (Bộ Tài chính đã có Văn bản số 9377/BTC-QLCS ngày 14/7/2017 có ý kiến về trường hợp tương tự). Do vậy, cần phải truy thu về ngân sách nhà nước số tiền 91.878.560.376 đồng.
Từ ví dụ cụ thể trên, Hội Đầu tư phát triển du lịch Phú Quốc đã kiến nghị cho rằng, trên thực tế các nhà đầu tư đã thực hiện đầu tư trên địa bàn huyện Phú Quốc (là địa bàn đặc biệt khó khăn), nên phải được hưởng ưu đãi đầu tư theo pháp luật về đầu tư.
Nhà nước cần đảm bảo quyền lợi chính đáng của nhà đầu tư khi thực hiện đầu tư vào địa bàn đặc biệt khó khăn, kiến nghị không truy thu số tiền của các nhà đầu tư trên.
